Michael Scofield (Wentworth Miller), ingénieur en génie civil, a tous renoncer pour sauver son frère, Lincolm Burrows (Dominic Purcell) qui atten son éxécution dans le couloir de la mort pour un meurtre qu'il n'a pas commis (dans la prison de Fox River). Durant son incarcération, il craque pour le docteur Sarah Tancredi qui lui laisse l'occasion de s'évader.
